| ダークドラゴンとの戦いにシャイニングフォースが勝利した20年後の物語。ある日、ガーディアナ女王に即位したアンリの元に、南方の王国サイプレスからの使者を名乗る大神官ウォルドル一行が来訪する。ウォルドルはサイプレスとの友好の証と称して女王に呪いの小箱を手渡し、永遠の眠りに就かせる。そして呪いを解いて欲しければ、サイプレスに君従せよと言い残して去る。
女王の呪いを解くべく、戦士長ラグは、ガーディアナの精鋭とともにサイプレスへ遠征するも、それ以降消息を絶ってしまう。これに対して業を煮やしたのが、ガーディアナ2軍部隊に所属する子どもたち。プロンプトから来訪した少年剣士ニックの提言もあって、サイプレスへの遠征を志願する。
2軍部隊の長い旅がここから始まる。
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